chompを使用します。
ただし、perl5のみしか動作しません。

foreach $LINE (@lines){

#この取り出した行の最後の改行をコードを取り除きます。
  chomp $LINE;

  print $LINE;
}


以下の方法でも取り除くことができます。

foreach $LINE (@lines){

#この取り出した行の最後の改行をコードを取り除きます。
  $LINE =~ s/\n//g;

  print $LINE;
}


行の文頭の改行コードを取り除く場合は以下のようにします。

foreach $LINE (@lines){

#この取り出した行の最後の改行をコードを取り除きます。
  $LINE =~ s/^\n//;

  print $LINE;
}